回交育种的最大局限性是不能同时改变多个性状。
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（1）用于改良品种的个别缺点，而保持其优良性状，是抗病育种的有效手段。 （2）在杂种优势利用中，用来改良自交系，选育不育系和恢复系。 （3）用于远缘杂交，克服杂种不育和分离世代过长等问题。 （4）打破基因连锁。 （5）用于选育近等基因系和多系品种。